EIS coördineert een aantal meetprogramma’s om trends in aantallen en verspreiding te kunnen volgen van verschillende (groepen van) ongewervelden. Deze meetprogramma’s zijn onderdeel van het Netwerk Ecologische Monitoring (NEM, zie NEM-website). Het NEM is een samenwerkingsverband tussen de overheid en een aantal particuliere gegevensbeherende organisaties (PGO’s), waaronder EIS Kenniscentrum Insecten en andere ongewervelden.
Het gaat om de volgende programma’s: